京沪高铁千呼万唤地开通了，也创造了时速350公里的运营纪录，漂亮的“高姐”和周到的服务一时成为人们关注的焦点，京沪高铁开通初期还让京沪航线上的航空公司着实紧张了一把。然而才开通不到两周，京沪高铁又创造了一个纪录，4天3次“故障停”，大大打击了人们对京沪高铁的信心，而各种质疑声也纷纷响起，故障原因公布不及时，停运晚点的赔偿问题悬而不决，京沪高铁尚处在“磨合期”……重重问题已经暴露出来，我们期待着铁路部门给出合理的解释，妥善的解决方案，以及高铁服务质量的提高。
网友爆料，南京连日遭遇大雨，南京南站换乘大厅内出现多处漏水和地基下沉的现象。记者在现场采访时也发现，有部分下沉的区域，积水超过了人的脚踝处。
济南乘客：京沪高铁第一次故障，铁路部门将事故归结为天气原因，高铁运营为何没提前充分考虑自然因素？第二次、第三次事故未见异常天气，原因何在？
有专家称京沪高铁还处在磨合期，乘客质疑，为什么开通时不说还处在磨合期？为什么磨合期收正常运营票价？为什么不把磨合期过了再开通？这是在那旅客当试验品。
网友“houtian的世界”表示，如果停电证明安全技术上值得信赖，那就意味着保护措施很强很到位，遇到危险信号可及时停电保障乘客安全，“但是，雷雨雷电是否会对高铁产生很大的危险性呢？如果没有，这个停电保护的标准设置是否过高，是否过于敏感？”
针对赔偿问题，网友“无忌道言”说：“乘客的车票就是和铁路局签的合同，乘客因事不乘，退票费为票价的20%。铁路局误点、故障，高铁比慢铁还慢，乘客吃足苦头，没有一分钱赔偿。合理吗？合理吗？”
网友“蝈蝈噜啦啦”表示，京沪高铁晚点，如果铁道部态度积极点，诚恳点，高姐的素质高一点，不要只知道哭，另外，道歉补偿及时跟上，那不至于引起如此大的民怨，“所以，这不仅仅是个技术问题。”
铁道部新闻发言人王勇平:3次故障原因分别是，接触网附加线烧毁、动车组后受电弓损伤，以及动车组牵引变压器中的电线接触不良。王勇平表示，“京沪高铁开通以来，暴露了一些问题，主要是设备处于磨合期，出现了一些故障，虽然不影响安全，但对运行秩序影响较大。” [详细]
铁道部运输局：京沪高铁有非常高的安全系数，任何一点故障系统会自动导向安全。也就是说，发生故障后，列车会自动停车，以避免列车事故和保障乘客安全。此外，停车后铁路部门启动了紧急预案，及时调度指挥，进行故障抢修和安抚旅客。
中铁电气化局：7月10日事故原因，是由于当时瞬间风速过大，超过9级，致使一条接触网附加线发生偏移，碰到物体后造成接地短路停电。附加线并非接触网导线，并不会危及行车安全。至于12日供电设备故障，目前技术人员仍在调查。
京沪高铁的停电故障，并非接触网故障所致，而是有其他设备出现安全隐患。该局网站称，电气化局用在高铁上的全方位防灾安全监控系统，能在运营过程中及时监控极端天气、地质灾害并采取相应措施。
京沪高铁南京南站指挥部副指挥长：出现地基下沉的为南站的东北角和西北角，这两个位置本身就较为低洼，此外这两处还集中了所有排水管道和排污管道。南站整体地基都是由压土机反复碾压过的，唯有这两处地下管道密集、汇水口集中，恰恰不能使用这种反复碾压的工艺，所以我们采取了自然沉降的方法，只在地基表面平铺一层黄沙，然后注水加速其自然沉降。”包文琪表示，之后南站这两处的地基还会出现一些沉降现象，但属于正常预定范围，不会影响南站整体站房的质量，更不会影响京沪高铁的线路质量。