除了上述金融管理体制的障碍外，阻滞长三角金融一体化进程的“元凶”更在于无处不在的地方利益间的矛盾。上海市银行同业公会原秘书长朱德林说，“最大的原因在于受到了地方政府的干扰，只要一深入，就会碰到地方利益。”
冯文伟则无奈地以自己的经历来说明这一点。他向记者坦承，自己逢会必为区域金融联动鼓与呼，但每次都会受到“攻击”，这是由于金融是十分重要的资源，一些地方政府会有意无意地限制本地资本的流出。“他们说这是在为上海说话，因为一联动，资金还不全跑到上海去了？”
除了频繁遭遇所以表现也最明显的异地贷款问题，地方利益的掣肘还表现在金融机构间的合作、联合、购并。关于这一点，城市商业银行的境遇最为尴尬。
“近几年的数据显示，发展较好的城市商业银行在当地的市场份额大致在8%至10%左右。一旦达到这一数字，城商行很难再有大的突破。”上海银行研究部张吉光分析说，“随着地区经济一体化和金融一体化的发展，资金的跨地区流动日益频繁，而这恰恰是城市商业银行的软肋，从而造成城市商业银行大量客户流失。这也是很多企业在规模较小时与当地城市商业银行的关系非常好，而一旦这些企业做大，实现跨地区经营，往往就会与城市商业银行分道扬镳现象的最好解释。”
针对这一瓶颈，张吉光认为，城商行实现跨区域经营的形式并不仅仅局限于在异地设立分支机构，以相互参股、控股、交叉持股、兼并收购等方式进行的联合经营也是实现形式之一。
但是目前来看，城商行的联合之路困难重重。譬如说，上海银行就曾试图跨省收购马鞍山市商业银行和芜湖市商业银行，因为地方政府之间的利益不好协调而放弃。
“城市商业银行跨区域经营推进的最大困难，还是各方的利益不好协调，尤其牵涉到地方政府和利益各方时，矛盾更为突出。它和国企收购改造中有行政力量干预不同，几家城市商业银行的并购重组涉及的股东较多，各方利益的均衡点恐怕很难找到。”某银行高管显然对此甚是悲观。
这位人士进一步分析说，“目前各城市商业银行的董事长、行长任命均有所在地的市委组织部参与。一旦联合经营后，人事任命由谁负责？此外，由于城市商业银行每年对地方财政的贡献都不小，联合经营后的税收如果归总行所在地所有，会不会对地方的支持力度有所下降？地方项目在城市商业银行联合经营后，是否要经过总行审批？这样是否导致贷款项目更难获批？”
央行二总部促协作
二总部的设立并落户上海，更使得上海分行与南京分行间的协调具有更高层次的推动者。周小川也明确了上海作为全国金融中心的地位以及她所承担的国家战略级重任
去年初，央行上海分行行长胡平西即表示：“今年人行上海分行将与南京分行探索推动金融一体化。”而在其后，二总部的设立并落户上海，更使得两大分行间的协调具有更高层次的推动者。
“建设国家的金融中心，是超越城市利益和区域利益的。”央行行长周小川在二总部挂牌仪式上指出，央行肩负货币政策、宏观调控、金融市场、金融稳定等职能，必然围绕金融中心来改进职能，“因此，上海总部应运而生”。很显然，在这段讲话中，周小川再一次明确了上海作为全国金融中心的地位以及她所承担的国家战略级重任。
此前，上海已经形成了外汇市场、证券市场、期货市场、银行间拆借市场、银行间债券市场、黄金市场、钻石市场等金融市场，央行上海分行实际上承担了监管这些全国性金融市场的责任，而央行二部的应运而生，得以将原来上海分行对这些全国性金融市场的监管责任平滑转移到总部。
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