湄公河是柬埔寨最大的河流，它在柬埔寨境内长约500公里，是柬埔寨的主要水道。柬老边界至桔井一段，雨季可通航吃水5米的船只。金边以下直到出海口可全年通航。涨水期可通航5000吨海轮，低水位期间可通航2000吨的贷轮。
湄公河担负着柬埔寨内河航运最主要的任务，在内河航运中占有非常重要的地位。其重要河港有金边港和磅湛港等。
柬埔寨境内的湄公河位于热带季风气候区，河流水位受季节的影响很大。雨季水位高，流量大，旱季则反之。每年9-10月间水位最高。有关资料表明，湄公河在金边一段的最高水位为11.08米(1961年)，最低水位为1.43米(1946年)，悬殊近8倍。整个雨季期间，湄公河的平均洪水流量为39000立方米/秒，全年平均流量为11000立方米/秒。由于河水含沙量很大，在越南南部的湄公河口，陆地每年向海中延伸60-80米。
湄公河构成了柬埔寨最主要的水系网络，其绝大部分河流最终都汇入湄公河，并在越南南方注入南中国海。洞里萨河是湄公河在柬埔寨的最大支流，也是其第二大河流，流程155公里。该河是洞里萨湖的出海口，由西北向东南延伸，在金边附近汇入湄公河。主要支流左边有奇里奥河，右边有森河和芝尼河。湄公河在金边附近分成两支，大体并行向东南流经越南南方而注入南中国海。其中一条称后江，又名巴萨克河；另一条称前江，是金边出海口的主要通道。
湄公河在柬埔寨北部的上丁省有三条较大的支流；其中一条叫公河，发源于越南承天―顺化省西部，流经老挝的沙拉湾省，在柬埔寨上丁省省会上丁市附近汇入湄公河。另一条叫桑河，发源于越南嘉莱省西部。第三条叫斯勒波克河，有两个源头，发源于越南的多乐省和嘉莱省。这三条支流在上丁附近合为一条，汇入湄公河。此外，还有几条支流也值得一提：一是普雷克里恩河，二是德尔河，三是川龙河，四是普雷特纳河。前三条河发源于柬埔寨西部的蒙多基里省，最后一条即普雷特纳河发源于磅清扬省的奥拉山附近，在金边以南约100公里的干丹汇入湄公河。
流入洞里萨湖最终又经由洞里萨河汇入湄公河的主要河流有发源于泰国庄他武里府东部的蒙哥比里河，发源于柬埔寨西北部扁担山脉的土灵河和圣塔纳河等。这几条河最终合为一条，从西北部汇入洞里萨湖。发源于菩萨省的当特里河和三勇河，西南至东北流向，分别注入洞里萨河，而发源于暹粒省的奇克伦河和发源于磅同省的士尊河则系东北向西南流向，分别注入洞里萨湖。注入暹罗湾河流都比较小。值得一提的有发源于豆蔻山脉的普农潘河，在戈公附近入海的阿伦河以及磅逊河和贡布河等。 |
