据中国之声《新闻纵横》报道，在关注救援的同时，还有一个问题也不能忽视，就是防疫问题。开展卫生防疫也是保障搜救官兵的安全。
湖北荆州卫生计生委应急办主任毛安禄表示，目前医疗消毒用品已经集中在监利县疾控中心。同时，开展传染病的监测预警：
毛安禄：现在我们开展了突发公共事件的风险评估和血吸虫病的专题风险评估。每天都形成监测报告。因为我们目前荆州，主要的传染病是血吸虫病，再就是肠道传染病，怕有霍乱、伤寒、痢疾，再有人聚集比较多，关注流感，另外部队在水中，主要监测的是皮炎。
由于“东方之星”客船发生倾覆的事发水域是血吸虫病的老疫源地，因此当地还特别针对搜救抢险官兵，组织开展血吸虫病防治宣传。
毛安禄：部队官兵很多不是从血吸虫的疫区来的。就有感染的风险。我们要求尽可能不接触疫水，部队官兵接触疫水，要涂抹药物，涂抹到接触的皮肤上面。如果接触了疫水，要在规定的时间内，吃我们的预防药物。
据在搜救现场的武警湖北总队曹英华介绍，为了防止出现疫情，现场对遇难者遗体在转运过程中进行了全方位的“消毒”。
曹英华：转运遗体的时候，要穿防护服，主要是罩着手、脚、身体比较大的地方，脸上是带着口罩。打捞出的遗体，上岸都要进行消毒，上车再进行一次消毒，转运中存放的地面和路线，都要进行消毒，全方位的消毒。(记者马喆 冯会玲)
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