第二个层面上——比王宫和基万汗宫稍低一些——是赛义德·阿西亚·巴库维陵墓。这是一座八面体的建筑，建筑的上部是八面拼成圆锥形的幕形顶盖。民间传说认为，赛义德·阿西亚·巴库维陵墓里埋葬的是希尔凡沙赫哈利卢拉的一个宫廷科学家，他从事医学、数学和星相学研究。现在这座建筑物更多的是以“苦行僧陵墓”而闻名。
古代这座陵墓还添建了一座由四根石柱子从内部支撑的圆顶清真寺。1918年的火灾将这座清真寺烧毁了。
陵墓建筑物的下面是墓穴。20世纪20年代在对陵墓和古代清真寺遗迹的全面考古过程中，学者们在墓穴中发现了20副不完整的人体骨骼。研究者们认为，陵墓所在的位置的四周曾经是墓地。修建清真寺和挖地基下的地槽时损坏了一些墓葬，而坟墓中的骨头是后来放到陵墓下的墓穴中的。
宫殿建筑群的第三个层面坐落着1435年修建的希尔凡沙赫陵墓群。陵墓建筑为圆顶，装饰有浮雕的六放星。通向陵墓的入口要穿过一个箭形拱顶的门楼。门楼上部的石头上刻着花和叶子，下面则用阿拉伯组合花字刻着以下内容的两行铭文。
神圣而至高无上的真主安拉说：到那一天，安拉会原谅你们的，因为它是仁慈中最仁慈的。
先知说——他们上面是最好的祈福并给他最诚挚的问候：“你们肯定能亲眼看到你们的主。”
第二条铭文的文字是哈底斯圣训，也就是对先知穆罕默德所言所行的叙述。这句名言并未写入古兰经，但却被认为是穆罕默德所说。
被列入希尔凡宫殿建筑群的还有一座清真寺——一座结构几乎为直角形的建有箭形拱顶门楼的建筑。门楼镶了用石头凿成的宽阔的边，但并未用雕花装饰。
清真寺的内部装饰、飞檐和白漆，以及门楼墙上的涂料都是到后来——19世纪末或20世纪初——完成的，与古时候没有任何关系。
在清真寺的塔上，上面部分的环状平台下面有钟乳石的装饰物。比这些装饰物稍低的地方绕清真寺一周刻有浮雕铭文，到了19世纪末，绕着清真寺塔装上了铁栅栏。
在建成以后的几百年间，希尔凡宫自然而然地成了许多历史事件的见证者。萨非王朝曾统治过巴库，1578年，巴库又被土耳其人占领，到1723年彼得一世的军队攻占巴库时，宫殿的南面和东面受到破坏。
19世纪20年代，曾到过巴库的第比利斯国王领事、勋章获得者甘巴指出，“汗的宫殿看起来像一座废墟，里面住着30户贫穷的鞑靼人和波斯人的家庭。”1842年时，喀山大学的教授别列津在进行对近东国家的科学考察时访问了巴库。他在自己的行程日记中是这样记述希尔凡宫的：“这座建筑饱受时间的折磨，而忍受得更多的则是人类的懒惰，人们为了省点力，直接从这儿拿走石头去建糟糕透顶的房子，不知羞耻地破坏着古迹。屋顶已经不复存在，完全消失了：上面一层的墙也大部分都倒塌了，而下面一层则几乎完全被填平了。”
宫殿的这种废墟状态一直持续到19世纪，1857年，它被转交到俄罗斯军事机构手中。军事机构对宫殿进行了部分修缮，并同时对它进行了彻底重建，使宫殿建筑成为了军事装备仓库。这座作为伟大的历史文物的宫殿的重建工作花去了巨额的资金。
十月革命后，阿塞拜疆建立了苏维埃政权，新政府决定成立一个艺术和古迹文物保护委员会。于是，从1932年开始希尔凡宫开始进行整理修缮工作。
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