医改方案中，没有提出政府对公立医院“保工资、保福利”的全额保障政策。中央财经大学财税研究所副所长王俊认为，主要有以下原因：
一、防止财政资金浪费。我国一直致力于建立服务提供与筹资相互分离、相互制约的医疗卫生体制，这决定了公立医院将获得比较稳定的业务收入来源，其中包括医疗保障基金和个人付费支出等，而这些收入已经包含了对人力成本的补偿，这是公立医院与公立学校等全额预算拨款单位最大的区别。所以对公立医院医务人员工资福利提供全额保障，一方面又在医疗保障体系建设中投入大量资金，就会形成重复补助、重复保障的问题，导致财政资金浪费，不利于医疗资源合理配置。
二、现有财力无法承担和维系。尽管随着我国经济不断发展，财政收入已达到一定规模，但近年来各项事业发展所需投入也在增加，此外国际金融危机导致的全球经济放缓，也使中国财政收入保持连续高速增长的势头不复存在。据统计，我国目前公立医疗资源相当巨大，在医疗体系中所占比重非常高，因此，如果对所有公立医院的人员经费提供全额保障，现有财力既难以承担也不能维系。
三、无助于医疗服务质量改进和居民健康的保障。计划经济时期，“看病难、住院难、手术难”等医疗服务的问题，一直深深困扰着政府部门。其中主要原因，就是由于财政部门按照医疗机构人员编制下拨经费，医务人员大多是“国家干部”，实行严格的“编制管理”，获得相应的工资和福利，医务人员的收入与工作业绩等没有关系。在这样的体制之下，无论是医院还是医生个人，都不可能有积极性为病人提供高质量服务。目前，各级各类医院医生的收入差别很大，如果由财政统一工资和福利，原来高收入者会感到不满，如果要提高到令其满意的水平，财政又很难承担。长此以往，医疗市场中的竞争机制和激励机制将难以建立，公立医疗服务质量势必下降，从而对居民的健康保障产生不利影响。
王俊指出，为了控制公立医院逐利倾向，在不能由国家拨款全额保障公立医院人员经费的情况下，政府部门可以采取以下措施，以推动医疗卫生改革：第一，改革公立医院管理体制、运行机制和监管体制。第二，推进公立医院补偿机制改革。第三，加快形成多元办医格局，对公立医院的趋利行为产生制约作用。第四，发挥医疗保障制度第三方付费的监督作用。
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